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GSL Biotech SnapGene是一款专业的分子生物学软件,这款软件提供了设计引物,酶切位点,氨基酸翻译,密码子优化,序列本地或者网上blast比对等功能。
SnapGene是一款功能强大的日常分子生物学软件。使用旨在为用户提供完善的计划,可视化和记录您的日常分子生物学程序的解决方案。拥有友好的用户界面,可以方便,全面地记录我们经常生成的所有结构。可在SnapGene中完成所有克隆,并且优化改善你的策略,快速创建质粒图谱,并提供优雅,信息丰富的窗口,用于模拟各种常见的克隆和PCR方法。它节省了大量的时间和金钱,容易操作的可视化和模拟,提前预测可能发生的错误,并提醒用户进行改善,整个过程中,每一个操作都会自动记录,这样的话,用户可以清楚准确的看到你所有的操作内容,并可以通过.dna文件与同事共享丰富的带注释的地图和序列。
1.限制性站点指标
确认限制性网站适合克隆。独特性,甲基化敏感性,特殊性质以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组,不要被愚弄,因为限制性位点被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点,利用工具提示来避免有问题的限制网站。
2.限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面,如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3.PCR
模拟标准PCR,使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4.重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段,最多可组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
5.引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变,选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
1.In-Fusion克隆:一种多用途、多用途的方法来创建无国界的基因连接。SnapGene是第一个模拟这种方法的软件。只要选择你想要混合的DNA片段,程序就会设计它。
2.Gibson Assembly:许多研究人员在不使用限制性酶的情况下将Gibson Assembly转化为质粒。通过PCR将DNA片段连接起来进行干扰。
3.PCR及诱变:经引物设计后,可用于常规PCR克隆、共PCR扩增或诱变。得到的DNA序列文件可以立即进行进一步的操作。
4.自动文档化:自动记录模拟项目中的步骤。每次编辑或模拟序列时,此方法都会自动记录在图形历史记录中。在模拟DNA的结构之后,您可以使用历史作为实验协议。
5.琼脂糖凝胶电泳:使用先进的算法创建逼真的琼脂糖模拟。有限的部分显示在三种模拟凝胶格式,数值列表和序列图。您可以使用这种模拟凝胶来计划诊断约束或将图像与预测模式进行比较。
使用步骤
视图一:Map
直接打开任一质粒图谱(以pUC57为例),点击Map按钮,得到如下界面:
显示酶切位点。点击该按钮,得到如下界面。
显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击该按钮,得到如下界面:
显示ORF的片段大小、GC%值等一些信息。点击该按钮,得到如下界面:
视图二:Sequence
点击Sequence按钮,得到如下界面:
显示编码的氨基酸序列。点击该按钮可以切换氨基酸的全称和缩写。
点击该按钮,选择All6 frames,可以得到所以所有序列编码氨基酸的情况。
视图三:Enzymes
点击Enzymes按钮,得到如下界面,可以看到不同酶切位点在序列中位置:
视图四:Features
点击Features按钮,得到如下界面,显示一些常用元件(含元件的位置、大小、功能等信息)
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